张三丰修道的下手功夫在于察知玄关。如果学习修道养生不明玄关，就如入于暗室，一无所见。他认为，玄关就是气穴（下丹田）。气穴的蕴意，就是神入于气穴内。如在深穴之中一样，一旦神气在下丹田中相恋合，玄关之体便告成立。
筑基是一切修炼的基础。三丰派认为筑基是初功，在于寂灭情缘，扫除杂念。其入手功夫仍是打坐，打坐之中，最重要的是凝神调息，以暇以整，勿助勿忘，功夫即会日长。因为凝神调息在于心平气和，心平则神凝，气和则息调。心平，平字最妙。心不起波叫做平，心执其中叫做平。平即在此中，心在此中，乃不起波。
第一个层次是正念。具体做法是：每日先静一个时辰，待身心都安定了，气息都平和了，始将双目微闭，垂帘观照心下肾上一寸三分之间，不即不离，勿忘勿助。万念俱泯，一灵独存，谓之正念。
第二个层次是胎息。在第一个层次上获得的真念是活泼而不呆滞，灵动而不固定的；所得之气也是悠悠扬扬的。气在意念带动下，上行不过心，下行不过肾。一上一下、一阖一开，自然而然，两肾（后腰部）一带如火蒸，下丹田气暖。这时，呼吸不调而自调、不炼而自炼。气息一和，不出不入，无来无去，便形成胎息。丹经上也将胎息称为：“神息、真囊龠、真鼎炉、归根复命、玄牝之门、天地之根。”
修习内丹养生的人只要以神抱气、以意住息（呼吸），神、气、意、息便会在下丹田婉转悠扬，聚而不散，身内所藏之气与宇宙空间的气就会交结于丹田，这等于人体离开母体之后，重新建立一个胞胎境地。如同人在胞胎之中，母呼亦呼，母吸亦吸一样。入于胎息，全身感觉也只有内外呼吸相合时一起一伏，一大一小，一张一缩。这就是不用呼吸之息而得真息，不用思虑之神而得元神，不逞气质之性而得真性，不用混浊之精而得元精。真息、元神、真性、元精是修道炼丹的真正药物。
第三个层次是河车。得到胎息，如花结蕊，如胎成胞。体内真炁熏蒸，日充月盈，达于四肢，流于百脉。真炁充足之时，会自然地冲出尾闾关，撞开夹脊双关、升上泥丸（上丹田），再降下鹊桥（以舌抵上腭，形成所谓“鹊桥”），经过重楼（气管），到达绛宫（心脏主红，故称绛宫），最后落于下丹田。这叫河车初动。
内丹功夫，也有小三候：积静累气为初候，开关展窍为中候，筑基炼己为三候。下手于初候求之，大抵清心寡欲，先闭外三宝，养其内三宝而已。此中最关键的就是凝神调息，调息凝神。这八个字就是下手功夫，必须一同做去，分层次而不断即可。
心不清，眼就不要乱闭，心清之后，才能收入气穴，心止于脐下就叫做凝神；气归于脐下，就叫做调息。神息相依，清静自然，就是勿忘；顺其清静自然，不主观，不妄想，就是勿助。勿忘勿助，默然柔然，才能凝神入虚。凝神入虚之时，犹如坐高山而视众山众水；燃天灯而照九幽九昧。微茫之中，现出一点心光，这就是一灵独存，所存之“一灵”也就是真神、真念、真心，这是不同于后天杂念丛生的意识、思维，而是心神两静、空空寂寂状态下体悟到的一种境界。
气虽运行，神未全至，因此不能执守于这种现象，而应不去理它，只以神凝照于中丹田（膻中穴内的区域），久而久之，便有无限生机出现。这样，神益静，气益生，精神益长，神融气畅，一霎时间，真炁混合，自有一阵回风，冲开百脉。这就叫河车真动。